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一、为什么要将一部分投资款记入“资本公积”科目？
将一部分投资款记入“资本公积”科目，通常是投资方与原股东博弈的结果。例如，甲公司原注册资本为100万元，乙公司拟向甲公司投资100万元。甲公司需要这100万元扩大再生产，但原股东不希望将这100万元全部进行公司法意义上的增资，防止自己的股权被过度稀释。而乙公司看好甲公司的发展前景，因此作为博弈的结果，可能将这100万元的投资款分为两部分，50万元记入实收资本，50万元记入资本公积。尤其一些名股实债形式的投资，投资方对于目标公司的日常经营并不关心，且无意行使股东权利，只想赚取固定的收益，且原股东亦不希望投资款全部进入注册资本进而导致稀释原股东所持有的公司股权，因此就将投资款的一部分记入资本公积。
根据《公司法》第二十六条的规定：有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。《公司法》意义上的“出资”即“缴纳注册资本”，“增资”即“增加注册资本”。
而注册资本是法律上的概念，实收资本、资本公积是会计上的概念。注册资本是公司筹集的、由公司章程载明的、经公司登记机关登记注册的资本，是股东认缴的出资额。实收资本是指投资者按照公司章程，或合同、协议的约定，实际投入企业的资本，或者说，实收资本是公司实际收到的股东的出资总额，是公司现实拥有的资本。资本公积是指企业在经营过程中由于接受捐赠、资本溢价以及法定财产重估增值等原因所形成的公积金。资本溢价是资本公积的重要组成部分，指投资者缴付企业的出资额大于其在企业注册资本中所拥有份额的数额。
投资者以注册资本为基数按持股比例计算的出资额部分，在会计上记入“实收资本”科目，其余部分记入“资本公积”科目。因投资款溢价而记入资本公积的部分，不属于《公司法》意义上的“增资”，在工商登记中的公司注册资本项下也不会因该资本公积的计入而导致变更。
三、记入“资本公积”科目的投资款，股东能否取回？
《公司法》第三十五条规定：公司成立后，股东不得抽逃出资。但并未规定股东不能“抽逃”资本公积金。根据《公司法》第177条以及其他相关规定,公司法项下的减资全称为减少注册资本,即针对公司减少注册资本的规定。对于记入资本公积的投资款股东能否直接取回,《公司法》及其他法律法规并未明确，在司法实务中，各级法院也出现了不同的处理方法。
案例一：天津硅谷天堂合盈股权投资基金合伙企业（有限合伙） 与曹务波、山东瀚霖生物技术有限公司（以下简称瀚霖公司）的投资纠纷（案例索引：（2014）鲁商初字第25号）
山东高院认为: 依照《中华人民共和国公司法》第三十六条和第三十八条第一款（七）项之规定，有限责任公司注册资本确定后，未经法定程序，不得随意减少和抽回。《中华人民共和国公司法》第七十五条规定，“有下列情形之一的，对股东会该决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；（二）公司合并、分立、转让主要财产的；（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会通过决议修改章程使公司存续的。”因此，涉案的《增资协议》是合同当事人真实意思表示，但协议中关于瀚霖公司回购股份的条款约定因违反《中华人民共和国公司法》上述强制性规定无效。协议其他条款并不违反公司法规定，应为有效。因瀚霖公司在2011年未实现净利润16,000万元以上且在2013年年底未完成上市，故协议约定曹务波购买股权条件已经成就，原告根据合同约定，诉请曹务波购买其股权并承担相应的赔偿责任符合合同约定，本院予以支持。原告诉请瀚霖公司回购其1.41%股权（《增资协议》约定的价值为700万元）违反公司法规定，本院不予支持。但主张瀚霖公司与曹务波共同偿还作为公积金部分4,200万元及其资金成本及利息损失，本院应予支持。
根据该案例我们可以看出:山东高院认为股东对目标公司增资的注册资本增加部分与公司对赌回购无效，增加的资本公积部分与公司对赌回购有效(即股东有权要求公司返还溢价增资记入资本公积的投资款,而无权要求公司返还注册资本)。
案例二：新湖集团与浙江玻璃、董利华、冯彩珍的投资纠纷案
案号检索: (2009)浙商初字第1号、(2010)民二终字第101号、(2011)浙商终字第36号、(2013)民申字第326号，最高人民法院 再审 (2013)民申字第326号。
案情简介:青海碱业原注册资本为人民币54,806万元，股东为浙江玻璃、董利华、冯彩珍，各持股92.737%、6.537%和0.726%。2007年6月21日，新湖集团与浙江玻璃、董利华、冯彩珍签订《关于青海碱业有限公司增资扩股协议书》(以下简称《增资协议》)，约定新湖集团单方面增资青海碱业，以现金90,460万元认购青海碱业增资后的35%股权，其中29,510.77万元投入注册资本，溢价部分60,949.23万元记入青海碱业的资本公积金。增资完成后，青海碱业注册资本将增加至84,316.77万元，股东及持股比例将变更为浙江玻璃60.279%、新湖集团35%、董利华4.249%、冯彩珍0.472%。协议签订后，新湖集团按约向青海碱业分批出资了人民币合计5亿元，按照约定比例，其中投入注册资本163,115,023.2元，记入资本公积金336,884,976.79元，尚余40,460万元未投入。而后，青海碱业变更工商登记注册资本为84,316.77万元，新湖集团依约持有35%股权，并办理了股东名册的变更记载和相关工商变更登记手续。
因浙江玻璃等对青海碱业的控制，新湖集团未能享受到《增资协议》及公司章程规定的知情权、决策权、参与管理权、财务监督权等股东权利。新湖集团于2010年9月26日向浙江玻璃、董利华、冯彩珍寄送了解除《增资协议》的通知。并于同年11月22日向浙江高院起诉，请求法院判令浙江玻璃、董利华、冯彩珍返还新湖集团出资款中的资本公积金336,884,976.79元，青海碱业承担连带返还责任。浙江高院依照浙高法（2010）284号《关于对以浙江玻璃股份有限公司、光宇集团有限公司及其关联企业为被告或者被执行人的案件实行集中审理和执行的通知》，将该案转绍兴市中级人民法院（以下简称绍兴中院）审理。绍兴中院于2011年5月12日作出（2010）浙绍商初字第95号民事判决。浙江玻璃不服，向浙江高院提起上诉。浙江高院于2011年12月16日作出（2011）浙商终字第36号民事判决，认定：由于浙江玻璃的违约行为致使新湖集团不能实现《增资协议》目的，新湖集团有权解除合同，《增资协议》已实际解除。但新湖集团投入青海碱业的336,884,976.79元资本公积金已成为青海碱业的公司资产，依据公司法资本维持原则和《增资协议》的约定，新湖集团不得向浙江玻璃、董利华、冯彩珍和青海碱业主张返还该资本公积金。新湖集团不服上述判决，向最高人民法院申请再审，最高院作出（2013）民申字第326号民事裁定，认定：在增资协议履行过程中，因浙江玻璃的根本违约行为，新湖集团采用通知方式解除了该合同，但《增资协议》的性质决定新湖集团所诉的资本公积金336,884,976.79元不能予以返还，遂驳回了新湖集团的再审申请。
根据以上案例我们可以得出:最高院认为：增资溢价款已经记入标的公司的资本公积，属于公司资产，股东不得擅自主张返还。
案例三：江门市江建建筑有限公司与江门市金华物业投资管理有限公司、江门市金华投资有限公司执行异议之诉再审民事判决书
案号检索:（2013）民提字第226号
案情简介:再审申请人江门市江建建筑有限公司（以下简称江建公司）为与被申请人江门市金华物业投资管理有限公司（以下简称金华物业公司）、江门市金华投资有限公司（以下简称金华投资公司）执行异议之诉一案，不服广东省高级人民法院(2012)粤高法民一终字第3号民事判决，向最高人民法院院申请再审。最高院认为：
（一）林金培对金华投资公司的额外出资不是借款，而属于资本公积金，林金培对金华投资公司所谓的借款债权并不成立。首先，金华投资公司1995年设立时，公司章程规定首期投资总额1.46亿元，而公司注册资本只有100万元，故包括林金培在内的各股东
